加工贸易保税制度
    保税制度是一种国际上通行的海关制度。我国加工贸易税收实践中，对于来料加工方式下，合同规定由外商提供的原材料、零部件、元器件、辅料及包装材料，海关全额免征关税和进口环节增值税;加工出口的成品免征出口环节增值税、生产环节消费税，包括免征工缴费的增值税。但是，进料加工方式下，海关则区别情况对进出口货物实行全额保税、定额保税或不予保税。一般来说，保税工厂、保税集团、对口合同可予以全额保税;其它经营进料加工的单位或加工生产企业，其进口的料、件应根据《进料加工进口料、件征免税比例表》的规定，分别按85%或95%作为出口部分免税，15%或5%作为不能出口部分照章征税。如不能出口部分多于海关已征税的比例，应照章补税;少于已征税比例而多出口的部分，经向海关提供确凿单证，经主管海关审核无误，准予向纳税地海关申请已纳税额返还。此外，对有违反海关规定行为的经营单位和加工生产企业，海关认为有必要时可对其进口料、件在进口时先予征税，待其加工复出口后，再按实际消耗进口料、件数量予以已纳税额返还。

但是，若加工贸易进口货物，无论来料加工或进料加工贸易方式下进口，只要进入出口加工区、保税区、保税物流园区、保税港区等特殊监管区域或保税物流中心、保税仓库等特殊监管场所，均实行全额保税。但是，基于历史原因，我国多数加工贸易企业位于出口加工区、保税区等特殊监管区域之外，因此对于这些企业而言，进料加工进口货物仍存在不完全保税甚至不予保税的可能。

加工贸易出口退(免)税制度
    对于来料加工贸易方式，我国实行以免税为主，不予出口退税的政策。如果出口企业是以来料加工复出口方式出口国家规定不予退(免)税货物的，仍然可以享受免税，但对其耗用的国产材料则不办理出口退税，其进项税额也不得抵扣，而是计入成本。

但是，对于进料加工贸易方式，我国实行出口退(免)税制度。该贸易方式下出口货物的消费税的退(免)税办法与一般贸易方式相同，而出口货物的增值税的退(免)税则有所区别，即根据进料加工复出口的具体贸易形式而采取不同的出口退税计算方法。

加工贸易征税制度
    1.加工贸易出口企业出口国家规定不予退(免)税的货物。出口企业以来料加工复出口方式出口不予退(免)税货物的，仍然享受免税;但是，出口企业以进料加工复出口贸易方式出口不予退(免)税的货物，则必须按复出口货物的离岸价格与所耗用进口料件的差额计提销项税额或计算应纳税额。此外，若该不予退(免)税的货物为应税消费品，还应按复出口货物的出口数量或离岸价格计算缴纳消费税。

2.加工贸易项下出口应税商品征收出口关税的规定。加工贸易项下出口应税商品，如全部使用进口料件加工的产(成)品，不征收出口关税;如部分使用进口料件加工的产(成)品，则按海关核定的比例征收出口关税。具体计算公式是：

出口关税=出口货物完税价格×出口关税税率×出口成品中使用的国产料件占全部料件的价值比例

其中，出口货物完税价格由海关根据《中华人民共和国审定进出口货物完税价格办法》的规定审核确定。企业应在向海关备案或变更手册(最迟在成品出口之前)时，向海关如实申报出口成品中使用的国产料件占全部料件的价值比例。

3.加工贸易进口料件与产(成)品内销。加工贸易保税进口料件或者成品因故转为内销的，海关凭主管部门准予内销的有效批准文件，对保税进口料件或制成品依法征收税款并加征缓税利息;进口料件属于国家对进口有限制性规定的，经营企业还应当向海关提交进口许可证件。未出口的成品按内销征税，并不予办理出口退税，已办理出口退(免)税的，应追回退(免)税款。加工贸易保税进口料件在加工过程中产生的边角料、剩余料件、残次品、副产品和受灾保税货物，加工贸易企业可向海关申请内销，并免于商务主管部门审批，属于发展改革委员会、商务部、环保总局及其授权部门进口许可证件管理范围的，免予提交许可证件。海关对申请内销的边角料根据报验状态归类后适用的税率和审定价格计征税款，并免征缓税利息。

由此可知，加工贸易出口应税商品或不予退(免)税商品的征税制度对进料加工、来料加工以及国产料件、保税进口料件区别对待，没有一视同仁，这显然不利于进料加工贸易方式的发展，也不利于提高加工贸易企业使用国产料件的积极性，从而不利于提高加工贸易产品的国内增值率。其次，虽然加工贸易料件与制成品内销制度中规定“进口料件属于国家对进口有限制性规定的，经营企业还应当向海关提交进口许可证件”，但未明示该规定是否也适用于制成品，从而使得企业可能利用加工贸易方式规避国家对某些制成品的进口限制，在国内销售该类产品。最后，根据规定，保税区、出口加工区内企业内销的制成品，其补税时的完税价格按制成品的成交价格审定;而区外企业内销制成品时，则按料件的原进口成交价格或与料件相同或类似的进口货物的成交价格为基础审定。一般情况下，制成品的成交价格要高于料件的成交价格，而且根据“关税升级”理论，制成品的进口关税税率也要高于料件的进口关税税率。因此，这种差异显然对出口加工区、保税区内的加工贸易企业不利。