第一，管理的主体不同。担保基金主要由政府专门安排专项资金，委托专业的信用中介机构经营和运作，是对社会信用中介体系的重要补充。补偿基金是由政府部门通过对企业专项扶持资金的重组和整合，在政府的领导下，由政府职能直接管理和使用。第二，发挥的作用不同。担保基金是解决企业担保难的一个途径和渠道，补偿基金是解决小企业贷款投资信心和成本问题，并将成本社会化，避免一方承担过高的风险。第三，经济效用不同。担保基金可以通过担保公司市场化运作和高效的管理，具有投资功能和增值效应。风险补偿基金是政府直接参与经济管理的调控工具，就其自身而言，并不能产生经济效益。第四，补偿层次和对象不同。担保基金只对与其合作的银行具有补偿功能，是单向的、直接的交易行为，受益对象是特定的，而风险补偿基金是所有类型和规模的小企业出现信用风险时，都可以进行风险损失抵补，受益对象可以惠及各类风险状况不同的银行。第五，规模要求不同。担保基金的规模要求高，规模决定资质和担保准入，补偿基金则无规模要求，是动态的、发展的。