首先，概念上不同。集资房一般由国有单位出面组织并提供自有的国有划拨土地用作建房用地，国家予以减免部分税费，由参加集资的职工部分或全额出资建设，房屋建成后归职工所有，不对外出售。产权也可以归单位和职工共有，在持续一段时间后过渡为职工个人所有。属于经济适用房的一种。

而商品房是特指经政府有关部门批准，由房地产开发经营公司开发的，建成后用于市场出售出租的房屋，包括住宅、商业用房以及其他建筑物，而自建、参建、委托建造，又是自用的住宅或其他建筑物不属于商品房范围。商品房是指开发商开发建设的供销售的房屋，能办产权证和国土证，可以自定价格出售的产权房。

其次，一般商品房是房地产开发商独特开发的一种产品，再通过市场买卖关系来实现其价值和使用价值，属完全的市场经营行为。所以，一般商品房的消费群体广泛、没有特别限制。

集资房则是通过单位、社会团体组织、住宅合作社来组织建设的，主要是为了解决单位和社会团体组织既定范围的中低收入家庭的住宅问题，采用的是先集资后建房的形式，是一种非市场行为，不存在买卖与经营关系。

另外，集资房建设与一般商品房在各种手续的申办上也存在区别。房地产开发公司，要开发经营一般商品房必须“五证俱全”，即要同时具备《规划用地许可证》、《建设规划许可证》、《开工许可证》、《土地使用证》、《房屋销售许可证》。一般商品房的土地是出让用地，取得的方式主要是以招投标、拍卖、挂牌以及市场转让的方式;集资房的土地主要是通过政府划拨，并减免了相关税费。因此，集资房的建设在申办手续的过程中，各种手续的办理不同于一般商品房开发经营的办理过程。

所以，一般商品房和集资房最大的区别是土地使用权的区别。一般商品房取得的是出让土地使用权，而集资房取得的是划拨土地使用权。因此，集资房上市交易、出租、抵押和继承时，应该向政府有关部门补交土地出让金。