担保公司虽然在扶持中小企业中日益发挥着重要作用，但由于担保公司在运营中缺乏规范性，在某些方面甚至存在先天不足，担保公司也存在诸多软肋，主要包括以下三个方面：

　　首先，缺乏足够的现金流量。从一些地区专业担保公司提交的营业执照看，注册资本比较高的有人民币几千万元，最低的仅有几百万元，而且对其注册资本的形态，并未明确要求全部或绝大部分应为货币资金。由于缺乏最低注册资本，没有可供自由支配的现金货币，使得担保公司规模小、自有资金少，根本不具备实际的担保或偿债能力。

　　目前，担保公司主要是采取在贷款行存入一定数量的担保基金，然后一般按2至5倍（财政部规定不超过10倍）的比例放大来为中小企业或个人融资提供担保。担保基金之外的部分，银行凭借的是担保公司的信用。在这种操作模式下，注册资本和信用放大倍数就直接决定担保公司担保行为的风险级别。至于注册资本不实、股东抽逃出资、担保基金来源不充分，甚至依靠被担保人提供虚假、欺诈行为等等，就使得银行面临的风险更为巨大。在一些地区，某些大商业银行明确规定：只承认由政府出资的贷款担保资格，不承认民间担保机构的信用资质，除非做出全额担保。这让许多地方的担保公司在帮助中小企业扩展融资上受到极大的限制。

　　其次，主营业务不规范。特别是商业性担保公司，由于是应运而生，所以，怎么赚钱怎么来，往往在经营担保业务的同时，兼营投资业务，甚至违背担保宗旨，大肆开展放贷业务。良好的投资回报，固然可以增加担保公司抗风险能力，但投资经营的失误，其后果是直接削弱担保公司的担保能力和代偿能力。尤其对于政府出资组建的担保公司而言，资金相对“得来全不费功夫”，如果对经营范围没有明确界定，并且缺乏有效的监管，那么挪用担保基金用于其他投资的现象几乎无可避免发生。现实中，以担保业务为幌子，违规进行各种资金运作，使担保公司变为融资公司不乏其例。

　　据调查几家专业担保公司经过会计师事务所审计的资产负债表和损益表，发现其中约有2/3的担保公司报表反映长期投资占其资产总额的50％以上，这些投资既有用于出资组建该担保公司的法人股东的股权性投资即通常所说的“互为股东”，也有投资于关联企业的股权性投资，如投向于同一集团公司名下同为独立法人的房地产公司等。还有一些担保公司不务正业，名为担保公司，实为放贷公司，因为这样对这些商业运营的担保公司来说，挣钱更快、更多。

　　再次，反担保或者再担保不力。如银行进行贷前调查一样，通常担保公司也应对被担保人进行调查评审，有选择地确定被担保的对象；同时，从风险防范的角度出发，还应要求被担保人提供反担保，或向其他担保机构进行再担保。但由于专业担保公司纷纷涌现，鱼龙混杂、泥沙俱下，因此，担保公司面临业务竞争时，往往采取降低收费标准或放弃要被担保人提供反担保等等方式来拉拢客户。

　　如此一来，当银行向担保公司主张债权时，担保公司无法对被担保人再进行追偿，也因为没向其他担保机构再担保而不能转移风险。如在个人消费贷款实践中，由于事先约定由借款人自行支付担保基金给担保公司再由担保公司转入在贷款行开立的担保基金专户，作为“互惠互利”，担保公司在查询借款人用于反担保的房地产权证真实有效后，同意借款人不去房地产抵押登记机关办理抵押登记，仅将权证押给担保公司以节省评估和登记费用。在借款人违约，银行向担保公司主张权利，担保公司履行担保责任后向借款人追索时，不仅人“蒸发”不见了，押在担保公司的房地产权属证书也有可能因借款人宣布“遗失”早已被公告注销，房屋也在借款人领取新证后易主给了他人。该笔担保给担保公司造成的损失为100％。

　　担保公司在支持地方经济中已经开始扮演重要角色，但存在的问题也不容小视，必须在发展中不断创新、不断完善、不断进取，尽快建立起一整套适应担保公司规范运作的长效机制，促进担保公司的健康发展。