不久，艾伦带着盖茨编写的程序，到新墨西哥州找到罗伯茨，并得到了他的认可。为了得到“牵牛星BASIC”的合同，艾伦和盖茨必须要组建一个公司。艾伦并没有想多久，就将这家公司命名为“微软”。

然而在最初的股权分配上他们就发生了争执。艾伦开始以为两人将会平分公司的股份，但盖茨却说：“你要一半是不对的，你还在其他公司领薪水。这BASIC几乎全是我在波士顿写的。我觉得我应该占60%的股份。”

虽然艾伦很不舒服，但还是接受了，因为他了解盖茨的脾气。譬如，两人下棋，艾伦善于组织，盖茨偏向进攻。有一天，盖茨下输了，就变得怒冲冲的，把棋子都拂到了地板上。“这是我走得最臭的一步棋了！”盖茨吼道。这种事发生了几次，他们就再也没有下过棋。

不久，艾伦看准了家用电脑走俏的时机，用5万美元买下QDOS操作系统，终于赢得了与IBM合作的机会。几年后，DOS成为了个人电脑的首选操作系统，微软也迎来了辉煌时代。

盖茨从不否认艾伦在他们早期成功时所起的作用，他曾说：“如果不是艾伦当时描绘的蓝图打动了我，也许我还会呆在大学里，那么以后所有的故事就都不会发生了。”

分道扬镳

艾伦和盖茨来自不同的世界。从一开始，这就注定两人会走上不同的道路。

艾伦从小喜欢阅读科技读物，喜欢做些小实验，有一次差点没把自己家的狗毒死。而盖茨更喜欢父亲给他订阅的《财富》杂志，“很虔诚地阅读它们”。盖茨曾经拿着这份杂志问艾伦：“你觉得经营一家世界五百强企业是什么样子？”艾伦说他不知道。盖茨说：“也许我们将来会有自己的公司。”说这话时他13岁。

艾伦的父亲是华盛顿州立大学图书馆的副馆长，为了让儿子念著名的私立学校湖滨中学，全家不得不节衣缩食以支付高昂的学费。而盖茨的父亲是华盛顿州律师协会的主席、一家律师事务所的合伙人。艾伦在书中写道，他和盖茨双方占有的股份体现了“一个图书管理员的儿子和一个律师的儿子之间的差别”。

事实上，两个曾经亲密无间的朋友正是因为股权而分道扬镳。斯蒂夫·鲍尔默是盖茨在哈佛的同学，曾在宝洁的市场营销部工作。微软成立5年后，盖茨想聘用鲍尔默，并分给他5%的股份。艾伦同意了盖茨的提议。但当他结束度假回到公司时，却吃惊地发现盖茨给鲍尔默写了一封信，许诺给后者8.75%的股份。艾伦大怒，表示再也不想请鲍尔默，并指责盖茨言而无信。

盖茨同意多出的股份从他那里扣除，艾伦才勉强同意。盖茨的管理方式也让艾伦不满。假如有人没有按时完成工作，盖茨会轻蔑地说：“我一个周末就能把这软件写完！”如果有人做了什么事让他不满，他会大吼：“这是我听过最他妈愚蠢的事情！”当然，让盖茨不满的人也包括艾伦。

微软早期员工詹姆斯·华莱士、吉姆·埃里克森在《硬盘》一书中也证实了艾伦的说法。“艾伦是个比较好相处的人，而盖茨则是个不可理喻、爱发脾气的工作狂。”他们写道，“保罗总是比盖茨更有耐心。”

真正让艾伦决定离开微软的原因是盖茨和鲍尔默的联手排挤。因为对公司发展道路的不同见解，盖茨逐渐将艾伦排挤到了决策核心圈的边缘。1982年，29岁的艾伦查出罹患第四阶段的淋巴瘤，不得不休养数月。当他回到办公室时，无意中在盖茨的办公室门口听到他和鲍尔默的对话。他们正抱怨艾伦几个月没有工作，准备通过发行期权的方式来稀释艾伦的股份。

艾伦抑制不住怒火冲了进去，让盖茨和鲍尔默十分尴尬。事后，盖茨写了一封6页纸的道歉信，但是裂痕已不可弥合。

冲突发生两个月后，艾伦正式离开微软，但仍保留公司董事会副董事长的席位和他的股份。艾伦成立了一家新公司，当比尔要给他投资时，他拒绝了。“我想看看没有他的帮助，我单枪匹马能做到什么程度。”

离开微软后的大部分时间里，他都在与癌症和公司经营抗争，但他仍感受到在微软时未曾体会到的快乐。

1986年，微软上市。艾伦握有28%的公司股权，一夜间成为身家过亿的富翁。在获得了巨大的财富后，艾伦开始追逐梦想的日子到了。