6月5日，山东省第十二届人民代表大会第二次会议召开，郭树清当选山东省人民政府省长。

　　此前3月17日，郭树清正式离开证监会，两天后，郭树清出现在山东省委扩大会议上，出任山东省委委员、常委、副书记。3月29日，山东省十二届人大一次会议任命郭树清为山东省副省长，并决定由其代理省长。

　　“对于其来说，一个极为重要的难题是怎么在山东厘清政府和市场的关系。”一位山东企业界人士说，“山东之前的高速发展其实也部分得益于强政府的推进，但在现在的发展环境下，这不适用了。”

　　这个问题郭树清在履职一开始就做出了阐述，在新一届省政府第一次召开的廉政工作会议上，郭树清就谈及了政府和市场的关系。

　　“政府不是万能的，许多事情由政府来做成本很高。”郭树清说，“要切实转变政府职能，下决心把该放的权力放下去，该由市场做的放给市场，社会能办好的交给社会。”

　　由此，郭树清提出山东要加快政府职能转变，“创造全国领先的营商环境”。在其赴多地调研的过程中，都强调要创造良好的营商环境，以吸引更多投资者和创业者。

　　梳理公开报道发现，郭树清入鲁三个月内，已经赴山东全部十七个城市进行考察，主题则涉及转方式调结构、加快城镇化建设、优化营商环境以及加速西部隆起带建设等内容。

　　在山东省转方式调结构推动科学发展现场观摩交流会，郭树清对山东的经济发展做出了自己的评价。

　　在郭树清看来，山东的问题和差距在于产业结构不合理、科技创新能力不强、民营经济差距较大、质量和效益有待提高。但他同时分析，认为山东的优势在于区位优势明显、资源比较丰富、实体经济基础扎实、区域发展较为协调。

　　但问题犹在。根据相关省份公布的2012年全年的经济运行数据，山东省第三产业增加值占GDP比重为40.0%，而广东为50.7%，江苏为43.8%。

　　郭树清在他参加的省政府第一次全体会议上就指出，要加大工业结构调整力度，有效化解过剩产能，鼓励发展高附加值的产品和行业，“努力拉长服务业短板，高度重视传统生产生活服务业，加快发展现代服务业和创意产业”。

　　而在全国城镇化浪潮的背景下，农业大省山东的城镇化如何进行也是摆在这个学者型省长面前的一个巨大挑战，郭树清对于这一问题的答案是“用改革的办法解决农村城镇化建设土地与资金问题”。其表示，要加快农村土地产权制度改革和经营管理体制改革。

　　作为来自金融系统的官员，郭在其履职期间也试图尝试将更多的金融资源引入山东。国开行、农银、上证交易所、深证交易所、全国社保基金理事会的掌门人均在这期间造访山东。

　　而5月27日，郭树清亲自带队赴香港参加2013香港山东周，并在山东-国际金融机构(香港)早餐会上向香港金融界人士发出邀请参与山东金融业。